Fabuła póki co prezentuje się raczej typowo: na orbicie planety Sonica pojawia się park rozrywki, w którym Dr. Eggman więzi wspomnianych Wisps. Sonic dowiaduje się o tym i postanawia uwolnić nie tak znowu bezradnych kosmitów. Każdy z nich posiada bowiem moc jakiegoś koloru, której Sonic będzie mógł użyć przemierzając kolejne poziomy.