Przede wszystkim decyzje, które gracz podjął w pierwszej części, będą miały wpływ na fabułę w kontynuacji; na przykład zabite przez naszego bohatera postacie nie pojawią się w Mass Effect 2.
Dodatkowo zaimportowane zostaną statystyki i umiejętności postaci z ME1. Oczywiście nie będzie możliwości przejścia drugiej części wypakowanym Shepardem, niemniej im wyższy poziom uzyskał gracz, na tym lepsze bonusy może liczyć w ME2. Mogą to być choćby dodatkowe pieniądze czy surowce na początku gry.
Co więcej, BioWare dodaje, że mimo iż gra nie będzie miała opcji New Game Plus, to możliwe będzie wielokrotne przejście Mass Effect 2 tym samym Shepardem.
