W Alpha Protocol gracz wciela się w rolę Michaela Thortona, agenta CIA. Thorton został wyszkolony przez najlepszych specjalistów CIA, nic zatem dziwnego, że potrafi wykonać nawet najbardziej niebezpieczne zadanie. Jest mistrzem w zabijaniu, dysponuje najnowocześniejszą bronią i zaawansowanym technologicznie sprzętem do podsłuchów. Jego misje często mają na celu uratowanie całej ludzkości. Los Thortona, a co za tym idzie świata, spoczywa więc w rękach gracza.
Feargus Urquhart, główny dyrektor Obsidian Entertainment, powiedział: "Alpha Protocol to mieszanka zawiłej fabuły, interesujących postaci, zaawansowanego rozwoju bohatera i szybkiej, nowoczesnej walki. Alpha Protocol obejmuje wszystko to, co lubimy w grach RPG. Jesteśmy pewni, że nasi programiści stworzą naprawdę ekscytującą grę RPG."
Gary Knight, europejski dyrektor ds. marketingu SEGA, dodał: "Praca z Obsidian Entertainment nad projektem tej rangi jest dla SEGI niezwykle ekscytująca. Posiadamy jedną z najlepszych niezależnych firm developerskich, więc Alpha Protocol będzie z pewnością najlepszą grą roku 2009. Ze swoją oryginalną akcją i niesamowitą, interaktywną fabułą Alpha Protocol dostarcza dreszczyku emocji porównywalnego z najlepszymi szpiegowskimi thrillerami."
Stworzona w 2003 roku firma Obsidian Entertainment ma na swoim koncie Star Wars: Knights Of The Old Republic II: The Sith Lords i Neverwinter Nights 2. W chwili obecnej Obsidian pracuje także nad Aliens: Colonial Marines.
